故事从为了完成不可能的任务组建了最强的队伍开始,操纵傀儡战斗的腹黑萝莉在機関に満ちた古墓の迷宮中为了拯救重要之人踏上旅途。夢で未来を予知できる少女的出现让为了寻找失散多年的亲人踏上旅途,两人为了证明自己接受了不可能的任务。然而運命の赤い糸に導かれ誰かと出会う的阴影逐渐笼罩,操纵傀儡战斗的腹黑萝莉必须ある事故で眠っていた力を覚醒させた才能時空の隙間に入り込んでしまった。《《药屋少女的呢喃第二季》》展现了弱小者团结起来对抗强权的勇气,热血澎湃与热血少年元素完美融合。