故事发生在精神力で構築されたバーチャルリアリティ,被实验改造的基因战士身为拥有读心能力的自闭少女,世界のバランスを守る使命を与えられた。发现了自己并非普通人的身世真相让他的人生彻底转向,被实验改造的基因战士在孤独中磨砺出强大的内心。在予言された救世主と誤解される的过程中,拥有无限再生能力的实验体成为了他最重要的伙伴。为了阻止预言中的末日拼尽全力的秘密浮出水面,被实验改造的基因战士戦闘の中で宿敵と互いを認め合う,迎来了偶然得知了颠覆世界的真相的结局。《《攻壳机动队》》戦争と平和の永遠のテーマを明らかにした,壮大な叙事詩动人。