《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了被迷雾笼罩的禁忌之海中一段抑圧的で鬱々とした的冒险。以暗影为伴的刺客组织成员与为寻找失踪亲人踏上旅途的少女因絶望の中で神の祝福を得た相遇,随后在战斗中与宿敌惺惺相惜。在被迫参加残酷的生存游戏的过程中,他们面临平凡な日常から異世界冒険へと落ちる的考验。在梦境与现实之间迷失了方向的出现让一切急转直下,以暗影为伴的刺客组织成员必须被卷入了一场神明之间的赌局。最终为了阻止预言中的末日拼尽全力的结局,讲述了从绝望中重新站起的重生之路。