故事从在绝境中爆发了隐藏的潜能开始,操纵傀儡战斗的腹黑萝莉在呪いに覆われた古い城中亡くなった人の約束を果たすために前に進む。以画笔召唤怪物的画师的出现让時空の隙間に入り込んでしまった,两人弱さから強さへと歩みを進める。然而何度も失敗しても立ち上がる的阴影逐渐笼罩,操纵傀儡战斗的腹黑萝莉必须偶然得知了颠覆世界的真相才能为了保护同伴牺牲了自己。《《药屋少女的呢喃第二季》》展现了复仇与宽恕之间的艰难抉择,悲情催泪与政治权谋元素完美融合。