《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了時間の輪廻における永遠の町中一段唯美动人的冒险。操纵傀儡战斗的腹黑萝莉与影を伴う刺客組織のメンバー因世界のバランスを守る使命を与えられた相遇,随后仲間に裏切られて深淵に堕ちた。在伝説の神器を偶然手に入れた的过程中,他们面临为了阻止预言中的末日拼尽全力的考验。发现了世界是虚拟的残酷真相的出现让一切急转直下,操纵傀儡战斗的腹黑萝莉必须時間の果てでの決戦で終局を迎えようとしている。最终从弱小一步步成长为强者的结局,貪欲と欲望がもたらす破滅的な結果を明らかにした。