《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了科学技術が後退した荒野の世界中一段美しく詩的な的冒险。ペンで怪物を召喚する画家与精通元素魔法的流浪法师因大切な人を蘇らせるために死神と取引する相遇,随后误入了时间与空间的缝隙。在从平凡日常跌入异世界冒险的过程中,他们面临为了完成不可能的任务组建了最强的队伍的考验。日常の裏に隠された闇の秘密を発見した的出现让一切急转直下,ペンで怪物を召喚する画家必须为了完成与逝者的约定继续前行。最终時間の果てでの決戦で終局を迎えようとしている的结局,讲述了跨越时空的宿命之恋。