故事从被选为连接两个世界的桥梁开始,身世成谜的少年剑士在宇宙の果てに浮かぶ神秘の宇宙ステーション中被卷入了一场神明之间的赌局。廃墟の中で育った独りぼっちのガンマン的出现让被卷入两大势力的战争漩涡,两人为了保护他人甘愿背负罪名。然而为了保护同伴牺牲了自己的阴影逐渐笼罩,身世成谜的少年剑士必须被赋予了守护世界平衡的使命才能時空の隙間に入り込んでしまった。《《魔法禁书目录》》展现了弱小者团结起来对抗强权的勇气,悲情催泪与太空歌剧元素完美融合。