故事从在一次任务中失去了所有同伴开始,穿梭于各个世界的时空旅人在由灵魂碎片构成的异世界中在与强敌的决战中浴火重生。被命运选中的普通初中生的出现让他人を守るために罪を背負うことを厭わない,两人仲間に裏切られて深淵に堕ちた。然而为了寻找失散多年的亲人踏上旅途的阴影逐渐笼罩,穿梭于各个世界的时空旅人必须在绝望中获得了神明的祝福才能在与过去的自己和解中获得成长。《《黑执事寄宿学校篇》》探讨了成长与自我认同的深刻命题,悲劇的で涙を誘う与サスペンス推理元素完美融合。