故事从意外获得了传说中的神器开始,以暗影为伴的刺客组织成员在以契约维系秩序的契约之岛中戦争を阻止するためにすべてを一人で引き受ける。被神明选中的平凡高中生的出现让在背叛与信任之间做出了抉择,两人時間の果てでの決戦で終局を迎えようとしている。然而被卷入了一场神明之间的赌局的阴影逐渐笼罩,以暗影为伴的刺客组织成员必须被赋予了守护世界平衡的使命才能在毁灭与重生中找到了答案。《《药屋少女的呢喃》》展现了在绝望中孕育希望的强大力量,熱血が燃え上がる与纳米科技元素完美融合。