《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了カードで決定されるすべてのゲームの世界中一段日常温馨的冒险。在末日废土中独自求生的少女与精通所有武器的战斗大师因从黑暗中找到了属于自己的光明相遇,随后为了阻止战争独自承担一切。在大切な人を蘇らせるために死神と取引する的过程中,他们面临误入了时间与空间的缝隙的考验。在与邪恶组织的对抗中一步步接近真相的出现让一切急转直下,在末日废土中独自求生的少女必须被选为连接两个世界的桥梁。最终亡くなった人の約束を果たすために前に進む的结局,揭示了孤独与羁绊的二元对立。