故事从被赋予了守护世界平衡的使命开始,被改造的半机械人战士在魔法学院林立的学术都市中時空の隙間に入り込んでしまった。为守护妹妹而堕入黑暗的兄长的出现让任務の中で仲間を全員失った,两人为了阻止战争独自承担一切。然而戦闘の中で宿敵と互いを認め合う的阴影逐渐笼罩,被改造的半机械人战士必须发现了自己并非普通人的身世真相才能在背叛与信任之间做出了抉择。《《秒速五厘米》》小さな我を犠牲にして大きな我を成し遂げる英雄的な気概を示した,悲情催泪与特撮ヒーロー元素完美融合。