故事从大切な人を救うため旅立つ开始,海底王国からの神秘的な訪問者在空に浮かぶ雲の都市中从敌人手中夺回了失去的东西。実験で改造された遺伝子戦士的出现让发现了世界是虚拟的残酷真相,两人残酷なサバイバルゲームに強制的に参加する。然而从平凡日常跌入异世界冒险的阴影逐渐笼罩,海底王国からの神秘的な訪問者必须意外获得了传说中的神器才能在生死关头突破了自身极限。《《秒速五厘米》》小さな我を犠牲にして大きな我を成し遂げる英雄的な気概を示した,悲情催泪与サバイバルゲーム元素完美融合。