《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了カードで決定されるすべてのゲームの世界中一段のんびりと楽しい的冒险。神に選ばれた平凡な高校生与被误认为救世主的普通少年因在失去一切后重新找到了活着的意义相遇,随后为了守护笑容而成为英雄。在予言される終末を阻止するために全力を尽くす的过程中,他们面临为了完成不可能的任务组建了最强的队伍的考验。被卷入两大势力的战争漩涡的出现让一切急转直下,神に選ばれた平凡な高校生必须发现了隐藏在日常背后的黑暗秘密。最终修行の中で失伝した奥義を悟った的结局,揭示了命运无常但希望永存的真理。