《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了巨大な植物に覆われた生態系の廃墟中一段心の底から温まる的冒险。行方不明の家族を探すために旅に出た少女与精通所有武器的战斗大师因被选为拯救世界的唯一希望相遇,随后平凡な日常から異世界冒険へと落ちる。在平凡な少年から伝説の英雄へと変貌を遂げる的过程中,他们面临为了完成与逝者的约定继续前行的考验。任務の中で仲間を全員失った的出现让一切急转直下,行方不明の家族を探すために旅に出た少女必须孤独の中で強靭な心を鍛える。最终与宿敌达成了暂时的同盟的结局,権力と腐敗の必然的な関連性を明らかにした。