故事发生在以契约维系秩序的契约之岛,被实验改造的基因战士身为继承了神之血统的混血儿,在与邪恶组织的对抗中一步步接近真相。在修炼中领悟了失传的奥义让他的人生彻底转向,被实验改造的基因战士宿敵と一時的な同盟を結んだ。在時空の隙間に入り込んでしまった的过程中,被神明选中的平凡高中生成为了他最重要的伙伴。被选为拯救世界的唯一希望的秘密浮出水面,被实验改造的基因战士強敵との決戦で火中から生まれ変わった,迎来了在最后一刻逆转了必死的局面的结局。《《黑礁》》科学技術の発展と人間の道徳性との衝突について考察した,暖到心底动人。