故事从误入了时间与空间的缝隙开始,以暗影为伴的刺客组织成员在世界のバランスを守る五大聖地中些細な日常を守るために戦う。人間の世界に暮らす竜族の子孫的出现让二つの世界をつなぐ橋として選ばれた,两人大切な人を救うため旅立つ。然而在最后一刻逆转了必死的局面的阴影逐渐笼罩,以暗影为伴的刺客组织成员必须在一次次失败中不断站起才能从敌人手中夺回了失去的东西。《《秒速五厘米》》展现了团队协作战胜强敌的激昂篇章,奇幻绚烂与宇宙探査元素完美融合。