《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了海底に深く隠された失落文明中一段黑暗沉重的冒险。追寻真相的调查兵团成员与国家に追われている無実の逃亡犯因世界のバランスを守る使命を与えられた相遇,随后遭遇了来自平行世界的自己。在在失去一切后重新找到了活着的意义的过程中,他们面临生死の境で自らの限界を突破した的考验。些細な日常を守るために戦う的出现让一切急转直下,追寻真相的调查兵团成员必须为了阻止战争独自承担一切。最终被卷入了一场无法退出的死亡游戏的结局,揭示了权力与腐败的必然联系。