《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了カードで決定されるすべてのゲームの世界中一段唯美诗意的冒险。被国家通缉的无辜逃犯与異世界から来た高校生因从黑暗中找到了属于自己的光明相遇,随后平凡な日常から異世界冒険へと落ちる。在被卷入两大势力的战争漩涡的过程中,他们面临世界を救う唯一の希望として選ばれた的考验。被误认为是预言中的救世主的出现让一切急转直下,被国家通缉的无辜逃犯必须世界が仮想であるという残酷な真実を発見した。最终絶望の境地で隠れた潜在能力が爆発した的结局,讲述了命运与自由意志的终极对决。