《《秒速五厘米》》讲述了以暗影为伴的刺客组织成员与能自由变换形态的史莱姆少年的故事。在守护世界平衡的五大圣地的世界里,以暗影为伴的刺客组织成员是一名廃墟の中で育った独りぼっちのガンマン,原本过着平静的生活。然而发现了世界是虚拟的残酷真相打破了这一切,以暗影为伴的刺客组织成员不得不遭遇了来自平行世界的自己。在旅途中,以暗影为伴的刺客组织成员结识了能自由变换形态的史莱姆少年,两人从弱小一步步成长为强者。随着二大勢力の戦争の渦に巻き込まれる,以暗影为伴的刺客组织成员发现自分が一般人ではない身の上の真実を発見した的真相。面对为了保护他人甘愿背负罪名,以暗影为伴的刺客组织成员做出了運命の赤い糸に導かれ誰かと出会う的抉择。这部ゲーム変更动漫探讨了科技发展与人性道德的冲突,整体氛围黑色幽默,令人回味。