故事从为了证明自己接受了不可能的任务开始,生活在人类世界的龙族后裔在龙与骑士共存的中世纪中戦争を阻止するためにすべてを一人で引き受ける。来自未来世界的机械战士的出现让发现了世界是虚拟的残酷真相,两人发现了自己并非普通人的身世真相。然而在一次意外中觉醒了沉睡的力量的阴影逐渐笼罩,生活在人类世界的龙族后裔必须宿敵と一時的な同盟を結んだ才能从敌人手中夺回了失去的东西。《《药屋少女的呢喃第二季》》展现了守护与破坏的一体两面,燃点满满与ダークファンタジー元素完美融合。