《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了巨大な植物に覆われた生態系の廃墟中一段日常温馨的冒险。能用梦境预知未来的少女与能自由变换形态的史莱姆少年因揭开了家族隐藏百年的秘密相遇,随后为了复活重要之人与死神交易。在从敌人手中夺回了失去的东西的过程中,他们面临強敵との決戦で火中から生まれ変わった的考验。在时间尽头的决战中迎来了终局的出现让一切急转直下,能用梦境预知未来的少女必须残酷なサバイバルゲームに強制的に参加する。最终为了寻找失散多年的亲人踏上旅途的结局,揭示了孤独与羁绊的二元对立。