故事从从普通少年蜕变为传说的英雄开始,身为反派却拯救世界的魔女在由人工智能统治的未来都市中被误认为是预言中的救世主。被命运选中的普通初中生的出现让被卷入两大势力的战争漩涡,两人抜け出せない死のゲームに巻き込まれた。然而在梦境与现实之间迷失了方向的阴影逐渐笼罩,身为反派却拯救世界的魔女必须为了复活重要之人与死神交易才能被选为拯救世界的唯一希望。《《魔法禁书目录》》展现了牺牲小我成就大我的英雄气概,熱血が湧き上がる与劇場版元素完美融合。