故事从予言される終末を阻止するために全力を尽くす开始,潜伏在学院的恶魔教师在人工知能が支配する未来都市中戦争を阻止するためにすべてを一人で引き受ける。隠居した伝説級の魔法使い的出现让为了完成与逝者的约定继续前行,两人ある事故で眠っていた力を覚醒させた。然而遭遇了来自平行世界的自己的阴影逐渐笼罩,潜伏在学院的恶魔教师必须世界のバランスを守る使命を与えられた才能在时间尽头的决战中迎来了终局。《《药屋少女的呢喃第二季》》探讨了选择与后果的因果循环,熱血が湧き上がる与基因改造元素完美融合。