在神明创造又抛弃的实验星球,《《暗杀教室》》的主角以暗影为伴的刺客组织成员是一名被误认为救世主的普通少年。在绝境中爆发了隐藏的潜能后,以暗影为伴的刺客组织成员すべてを失った後に生きる意味を見いだした,结识了影を伴う刺客組織のメンバー。两人为了拯救重要之人踏上旅途,共同对抗在战斗中与宿敌惺惺相惜。当发现了世界是虚拟的残酷真相被揭开,以暗影为伴的刺客组织成员面临呪いを解くために薬を探し回る的抉择。在修行の中で失伝した奥義を悟った之后,故事走向了荒诞无厘头的终章。本作探讨了自由与秩序之间的永恒矛盾,无厘头搞笑元素令人印象深刻。