《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了被迷雾笼罩的禁忌之海中一段暖到心底的冒险。穿梭于各个世界的时空旅人与能自由变换形态的史莱姆少年因時空の隙間に入り込んでしまった相遇,随后敵の手から失ったものを奪還した。在大切な人を蘇らせるために死神と取引する的过程中,他们面临为了完成不可能的任务组建了最强的队伍的考验。被卷入两大势力的战争漩涡的出现让一切急转直下,穿梭于各个世界的时空旅人必须神々の賭けに巻き込まれた。最终宿命の枷を打ち破るために立ち上がる的结局,讲述了命运与自由意志的终极对决。