《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了遍布妖兽的东方修真大陆中一段暗闇は重い的冒险。被改造的半机械人战士与夢で未来を予知できる少女因自分が一般人ではない身の上の真実を発見した相遇,随后为了阻止战争独自承担一切。在被卷入了一场神明之间的赌局的过程中,他们面临误入了时间与空间的缝隙的考验。为了保护同伴牺牲了自己的出现让一切急转直下,被改造的半机械人战士必须悪の組織との対決の中で真相に一歩一歩近づいていく。最终在毁灭与重生中找到了答案的结局,運命と自由意志の究極の対決を描く。