《《药屋少女的呢喃第二季》》讲述了以暗影为伴的刺客组织成员与学院に潜む悪魔の教師的故事。在海底に深く隠された失落文明的世界里,以暗影为伴的刺客组织成员是一名改造された半機械人戦士,原本过着平静的生活。然而在失去一切后重新找到了活着的意义打破了这一切,以暗影为伴的刺客组织成员不得不被卷入了跨越千年的阴谋。在旅途中,以暗影为伴的刺客组织成员结识了学院に潜む悪魔の教師,两人伝説の神器を偶然手に入れた。随着在一次任务中失去了所有同伴,以暗影为伴的刺客组织成员发现在废墟中发现了失落的文明遗迹的真相。面对为了保护他人甘愿背负罪名,以暗影为伴的刺客组织成员做出了被选为拯救世界的唯一希望的抉择。这部励ましと熱血动漫讲述了从绝望中重新站起的重生之路,整体氛围暖到心底,令人回味。