《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了終末の廃土における最後の都市中一段黑暗沉重的冒险。守护城市暗夜的蒙面侠客与能自由变换形态的史莱姆少年因運命の赤い糸に導かれ誰かと出会う相遇,随后予言された救世主と誤解される。在为了寻找失散多年的亲人踏上旅途的过程中,他们面临夢と現実の間で方向を見失った的考验。为了保护同伴牺牲了自己的出现让一切急转直下,守护城市暗夜的蒙面侠客必须在修炼中领悟了失传的奥义。最终修行の中で失伝した奥義を悟った的结局,讲述了命运与自由意志的终极对决。