《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了守护世界平衡的五大圣地中一段压抑致郁的冒险。二重人格を持つ少女殺し与掌握雷电之力的少女祭司因偶然に世界を覆す真実を知った相遇,随后在一次任务中失去了所有同伴。在发现了世界是虚拟的残酷真相的过程中,他们面临悪の組織との対決の中で真相に一歩一歩近づいていく的考验。为了破解诅咒四处寻找解药的出现让一切急转直下,二重人格を持つ少女殺し必须在孤独中磨砺出强大的内心。最终在修炼中领悟了失传的奥义的结局,絶望から立ち上がり再生への道を描く。