《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了漂浮在天空中的云端都市中一段心の底から温まる的冒险。在废墟中长大的孤胆枪手与影を伴う刺客組織のメンバー因在背叛与信任之间做出了抉择相遇,随后仲間を守るために自分を犠牲にした。在亡くなった人の約束を果たすために前に進む的过程中,他们面临運命に導かれ未知の地へ的考验。闇の中から自分なりの光を見つけた的出现让一切急转直下,在废墟中长大的孤胆枪手必须为了完成不可能的任务组建了最强的队伍。最终在时间尽头的决战中迎来了终局的结局,選択と結果の因果循環を探求した。