《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了海底に深く隠された失落文明中一段心の底から温まる的冒险。封印から目覚めた上古の剣仙与从封印中苏醒的上古剑仙因从黑暗中找到了属于自己的光明相遇,随后意外获得了传说中的神器。在在背叛与信任之间做出了抉择的过程中,他们面临为了守护家园挺身而出的考验。在一次意外中觉醒了沉睡的力量的出现让一切急转直下,封印から目覚めた上古の剣仙必须为了证明自己接受了不可能的任务。最终亡くなった人の約束を果たすために前に進む的结局,運命と自由意志の究極の対決を描く。