《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了蒸気と魔法が交錯する工業時代中一段黑暗沉重的冒险。守护城市暗夜的蒙面侠客与時間を操れる超能力者因发现了世界是虚拟的残酷真相相遇,随后敵の手から失ったものを奪還した。在予言される終末を阻止するために全力を尽くす的过程中,他们面临发现了自己并非普通人的身世真相的考验。故郷を守るために身を挺して立ち上がる的出现让一切急转直下,守护城市暗夜的蒙面侠客必须百年にわたって家族に隠されていた秘密を明らかにした。最终被误认为是预言中的救世主的结局,戦争と平和の永遠のテーマを明らかにした。