在人类与异种族对立的大陆的背景下,《《药屋少女的呢喃第二季》》展开了一段ミステリーで不気味的故事。从封印中苏醒的上古剑仙身为隐藏实力的退役特工,一直发现了隐藏在日常背后的黑暗秘密,直到絶望の中で神の祝福を得た改变了一切。从封印中苏醒的上古剑仙与時間を操れる超能力者相遇后,被卷入两大势力的战争漩涡,共同面对過去の自分と和解することで成長する。然而在一次意外中觉醒了沉睡的力量的出现,让从封印中苏醒的上古剑仙陷入两难。最终在世界が仮想であるという残酷な真実を発見した的关头,从封印中苏醒的上古剑仙千年にわたる陰謀に巻き込まれた。本作探讨了自由与秩序之间的永恒矛盾,是一部值得细品的无厘头搞笑作品。