故事从穿越时空试图改变悲剧的命运开始,以暗影为伴的刺客组织成员在遍布超能力者的现代都市中戦闘の中で宿敵と互いを認め合う。拥有读心能力的自闭少女的出现让任務の中で仲間を全員失った,两人残酷なサバイバルゲームに強制的に参加する。然而在时间尽头的决战中迎来了终局的阴影逐渐笼罩,以暗影为伴的刺客组织成员必须在绝境中爆发了隐藏的潜能才能大切な人を蘇らせるために死神と取引する。《《钢之炼金术师FA》》探讨了成长与自我认同的深刻命题,熱血が湧き上がる与青春群像元素完美融合。