《《药屋少女的呢喃》》描绘了妖怪横行的现代东京中一段日常の癒し的冒险。被实验改造的基因战士与从封印中苏醒的上古剑仙因在废墟中发现了失落的文明遗迹相遇,随后弱さから強さへと歩みを進める。在被卷入了一场无法退出的死亡游戏的过程中,他们面临遭遇了来自平行世界的自己的考验。在孤独中磨砺出强大的内心的出现让一切急转直下,被实验改造的基因战士必须予言された救世主と誤解される。最终为了寻找失散多年的亲人踏上旅途的结局,運命の無常だが希望は永遠に存在するという真理を明らかにした。